为了参加下一场神奇宝贝华丽大赛，小智、小光和小刚一行人来到了阿拉莫斯镇。当然跟踪在他们后面的还有向来在剧场版中戏份不多的火箭队。可是一登场就悲剧性地被附和气球和飘飘球吹跑了。 他们在镇上遇见了一个名叫爱丽斯的漂亮女孩。爱丽斯带着大家四处游览，并参观这里的标志性建筑——时空之塔和一座美丽庭园。在这座庭园里，小智发现了可疑的影子。巧遇的艾伯特男爵告诉他们，这是噩梦神奇宝贝达克莱伊。果然如他所言，达克莱伊出现在大家面前，又攻击了小智，使他陷入昏迷，在小智的梦境里，达克莱伊似乎想传达一些信息。 接着，达克莱伊再度现形于广场，用绝招让许多人和神奇宝贝陷入沉睡之中。艾伯特男爵为了捕获达克莱伊派出了突击队，却反而闹出了更大的乱子。 爱丽斯的好友东尼奥是天才建筑家古狄的曾孙。高第设计并建造了位于阿拉莫斯镇中心的时空之塔，这里本来也是此次华丽大赛的会场。东尼奥在曾祖父的日记中发现了几行神秘的预言。正在此时，白杨镇发生了空间异常，所有的人都被封在了镇里。 原来，空间异常是神奇宝贝——掌管空间的帕路奇犽造成的。它在和另一只神奇宝贝——掌管时间的帝牙卢卡的战斗中受伤，逃到了这里。而达克莱伊察觉了帕路奇犽的存在，对之展开攻击，帝牙卢卡也追着帕路奇犽从异次元空间来到这里加入了混战。阿拉莫斯镇因无法承受这场震动时空的大战，面临着毁灭的命运，“古狄的日记”中记载的预言即将成为现实。 小智等人能否解除这个危机！？「奥拉希翁」究竟是什么？！
