一年战争时期的贾布罗防御战之后，地球联邦军为了夺取吉翁地球军的所在地敖德萨，展开了一场大规模的反攻行动。主人公阿姆罗·雷与“白色基地”号的成员们在行动开始前前往贝尔法斯特进行补给。途中，他们接到了一个扫除残留敌军势力所驻留岛屿“不归之岛”的任务。阿姆罗等人登岛进行搜索时发现岛上都是本不应该在那的孩子以及一架扎古。在与扎古的战斗中落败的阿姆罗，被自称库克罗斯·德安的男人救起。
虽然是吉翁公国军的一名逃兵，德安却将战争孤儿们隐藏起来远离战争。然而岛上隐藏着的一个重大的秘密引得吉翁公国军将军马·克贝下令德安以前的战友南十字部队出击德安的小岛。为此，德安决意不再逃避过去，阿姆罗也受到德安的启发，与德安所守护的岛上的孩子们一起迎来德安的最后一战。
